1900'de İstanbul, Sarıyer'de doğdu. Doğum yılı farklı kaynaklarda 1899, 1901 ya da 1902 olarak da gösterilmiştir. Mülgâ Dâire-î Sâadet Âmiri, Divân-ı Hümâyun muavini ve Dârülfünûn ilâhiyat şubesi muallimlerinden Mehmed Nuri Bey ile Fatma Hanife Hanım'ın oğludur. Anne tarafından Germiyanoğulları Beyliği'ni kuran âileye mensuptur.

Münir Nurettin Selçuk, 1928 senesinde Enise Selçuk ile evlenmiş ve eşinin ölümüne kadar (1966) evli kalmıştır. Bu evliliğinden kızı Meral Selçuk; Şehime Erton'la olan beraberliğinden ise Timur Selçuk ve Selim Selçuk dünyaya gelmiştir.[1] Nükhet Sirel, Roksan Selçuk, Mercan Selçuk ve Hazal Selçuk'un ise dedesidir. 3 Haziran 1920 tarihli Spor Alemi dergisinde Saint Joseph Lisesi futbol takımı ve Fenerbahçe ikinci takımını bir arada gösteren resimde, ayakta en solda Münir Nurettin Selçuk. 

Aşiyan Mezarlığı'ndaki mezarı Kadıköy Kalamış Parkı'nda Münir Nurettin Selçuk büstü. On beş yaşında Dâr-ül Feyz-î Musikî Cemiyeti'ne öğrenci olarak girdi. 1907'de Soğukçeşme Askerî Rüşdiyesi'ni bitirip Kadıköy Sultanîsi'ne yazıldı. Aynı yıl Darülelhan'a da girdi, Zekaizade Ahmed Efendi'den dört yıl ders aldı. Ailesinin ısrarı ile ziraat öğrenimi[2] için gittiği Macaristan’dan 1917 yılında geri döndü. Dâr-ül Feyz-î Mûsikî Cemiyeti'ne devam etti. 

Ahmet Irsoy ve Bestenigâr Ziya Bey'den müzik dersleri aldı. Münir Nurettin, bestekârlığa 1920 yılında Tevfik Fikret’in “Bu bir terânedir” şiirine yaptığı bir besteyle başladı. İkinci olarak “Sensiz ey şûh gözlerim avâre kalbim ağlıyor” güfteli şarkısını besteledi ve bu iki eserden sonra yirmi yıl süreyle beste yapmadı.